Mit dem neuen Flughafen könnten die Kapazität für den Frachtflug von ursprünglich 60.000 Tonnen auf bis zu 600.000 Tonnen ausgebaut werden. Aufgrund von Planungsfehlern und Problemen mit der Brandschutztechnik, den Gepäckbändern und beim Check-in wurde der ursprüngliche Eröffnungstermin .auf ein unbestimmtes Datum verschoben. Dem Flughaften droht neben der verspäteten Eröffnung auch ein Finanzierungsdefizit. Der Flughafen wird mit rund 4,7 Milliarden Euro voraussichtlich doppelt so teuer wie ursprünglich geplant. Die Mehrkosten sind auf nicht eingeplante Kostensteigerungen beim Terminalbau zurückzuführen sowie auf höhere Lärmschutzmaßnahmen, die gerichtlich angeordnet wurden. Hinzu kommt der Ausfall von Einnahmen durch die verspätete Eröffnung. Diese Finanzierungslücke tragen die Länder Berlin und Brandenburg zu je 37 Prozent sowie der Bund zu 26 Prozent. Am 3. Juli 2013 wurde bereits das neue Frachtzentrum des neuen Flughafens eröffnet. Die Fertigstellung des gesamten Flughafens könnte nach Expertenschätzungen bis Herbst 2015 erfolgen.
Flughafen München – 3. Startbahn
Nach Angabe der Flughafengesellschaft ist Bayern mit einem Exportvolumen von mehr als 145 Mrd. Euro auf dem 24. Rang der Exportnationen. Für Bayern als exportorientiertes Land ist der Ausbau des Flughafens notwendige Voraussetzung, um im internationalen Wettbewerb konkurrenzfähig zu bleiben. Der Bau einer dritten Startbahn wurde durch einen Bürgerentscheid am 17. Juni 2012 abgelehnt. Seit März 2013 findet am Bayerischen Verwaltungsgerichtshof außerdem ein Prozess statt, mit dem Bund Naturschutz, Anwohner und anliegende Gemeinden die Baugenehmigung auch gerichtlich kippen wollen. Als Drehkreuz im internationalen Luftverkehr ist der Flughafen München jedoch langfristig auf eine dritte Start- und Landebahn angewiesen, um im Wettbewerb bestehen zu können.